En los años de 1956 a 1960, funcionó en la antigua Facultad de Ciencias de esta Universidad, una sección de Pre-Farmacia, en la que se capacitaron muchos estudiantes, que luego de titularse en la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, retornaron a trabajar en la Región. Sin embargo, el cambio de política educativa de la Universidad San Marcos y el desmembramiento de la Facultad de Ciencias de la UNSAAC, hicieron que esta sección se desactivara y se formaran Facultades como Ingeniería Civil, Ingeniería Química y Ciencias Químicas. Debido también a la creación y funcionamiento exitoso de las Carreras Profesionales como Enfermería y Medicina Humana, se piensa en la creación de otras carreras como Farmacia y Bioquímica y Odontología, para completar las Ciencias de la Salud en la UNSAAC.

El Consejo Universitario por resolución Nº. CU-060-91, aprueba el Proyecto de Creación de la Carrera Profesional de Farmacia y Bioquímica, elevándolo a conocimiento de la Asamblea Universitaria, y en aplicación a los artículos 36º, 37º, 38º y 40º del Estatuto Universitario y los Artículos 9º, 10º, 11º y 12º de la Ley 23733; se resolvió:

1. CREAR LA CARRERA PROFESIONAL DE FARMACIA Y BIOQUIMICA de la Facultad de Ciencias Químicas, Físicas y Matemáticas de la Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco.

2. NOMBRAR LA COMISIÓN Especial encargada de organizar e implementar la C.P. de Farmacia, la misma que estuvo conformada por:
   Presidenta: Q.F. Adelma Troncoso Chávez de Jiménez.
   Integrantes:
   Q.U. Alicia Irene Gonzales Mayo de León
   Q.U. Aurora Loaiza Becerra de Mosqueira

Por Resolución N° AU-06-92-UNSAAC del 27 de diciembre de 1991 se creó la Carrera profesional y su primera Coordinadora Académica fue la Q.F. Adelma Troncoso Chávez de Jiménez. En la actualidad ya cuenta con 420 estudiantes y quince profesores de la especialidad en el Departamento Académico de Farmacia y aproximadamente 30 docentes de otros departamentos académicos de servicio.